Поддерживает ли драйвер сканера штрих-кода буквенно-цифровой код лицевого счета? Например когда лицевой имеет префикс: М45123 или Е34342. Какая информация зашифрована в штрих-коде?

Нет, буквенно-цифровой код не поддерживается, номер лицевого счете должен состоять только из цифр.
В штрих-коде поддерживается только цифровой код, в котором зашифрованы номер версии штрих-кода, количество значащих цифр в номере лиц.счета, номер лицевого счета, признак долга/переплаты (1-долг, 0-переплата), сумма долга (переплаты), дата начала следующего расчетного периода и контрольная сумма
02_06_00000000506932_1_00128731_01022007_244

Подробнее см. Расшифровка штрих-кода...